1.短少的货物赔偿后，又被全部或部分查回，应送还托运人或收货人，并收回已赔偿的全部或部分金额。2.货物起运前发生损失赔偿的，已收运费予以退还；货物到达后发生损失，对货物部分损坏赔偿后尚能使用的，运费不予退还；全部赔偿的，退还已收运费；运输途中因行车肇事等原因造成货物损失而不能到达终点的，未完成路段的运费应予退还。
运费的计算：包括运费和其他杂费项目：1、渡费：车辆如需过渡运行，由起运站代收渡费。2、标签费。3、标志费。4、联运服务费：通过两种以上的运输工具的联合运输以及跨省(市)的公路联运，核收联运服务费。5、中转包干费：联运中转换装所产生的装卸、搬运、仓储、整理包装劳务等费用，实行全程包干，起运站一次核收。6、退票费：受理承运后货主要求退运，按规定收取已发生的劳务费用及消耗票证的印制成本费用。7、保管费。8、快件费：应货主要求办理快件运输，收取快件费。9、保价(保险)费：对贵重物品实行保价运输，制定收费标准，按货物价值的百分比核算。
